Bafa Gölü kenarında 20 tür orkide ve birçok çeşit endemik bitki türleri bulunmaktadır. Göl çevresinin büyük bir kısmı zeytin ağaçları ile kaplıdır. Yapılan çalışmalara göre, yaklaşık 2000 yaşında olan ve ülkemizde bilinen en yaşlı Zeytin ağacı Bafa Gölünün kenarında hala ürün vermektedir. Kıyı Ege ve Akdeniz Bölgesinin karakteristik bitki türlerinden bazıları; Adaçayı, İzmir Kekiği, Kara Kekik, Yabani Lavanta gibi aromatik türler ve tıbbi Papatyalar, Devedikeni bol miktarda yetişiyor. Bafa Gölü ve çevresinin bir diğer özelliği de bölgede yetişen yenilebilir otlar. Ege ve Akdeniz mutfağının olmazsa olmazları arasında İğnelik, Hardal otu, Sirken, Şevketi bostan, Ebegümeci, Kuşkonmaz, Turp otu, Radika, Kuş Konmaz ve Acı ot, Karahindibağ, Kazayağı, Semizotu, bunlardan bazıları.
